本发明涉及一种天然高分子复合水性聚氨酯粘合剂及其制备方法。一种天然高分子复合水性聚氨酯粘合剂，其特征在于：它主要由质量浓度为40-100％的物质A水溶液与质量浓度为10-25％的水性聚氨酯乳液共混制得；在质量浓度为40-100％的物质A水溶液和质量浓度为10-25％的水性聚氨酯乳液共混物中，物质A占所有固体组分的质量百分比为20-80，水性聚氨酯占所有固体组分的质量百分比为20-80；同时物质A和水性聚氨酯占物质A水溶液和水性聚氨酯乳液共混物总质量的质量百分比为30-40；其中，物质A为淀粉、大豆蛋白、改性淀粉、改性大豆蛋白中的任意一种或任意一种以上的混合。本发明的产品具有粘接性能高、成本低廉、可生物降解、环保的特点；而且本发明工艺简单、环保。